Uma maneira simples de atualizar os somente os arquivos que já existem na pasta destino é usando o bom e velho Xcopy do windows…

/U – vai copiar apenas os arquivos que existem na pasta destino

/D – vai copiar o arquivo da pasta origem somente se a data de modificação for mais recente do que o arquivo da pasta destino

/Y – vai evitar de perguntar se você vai querer sobre-escrever o arquivo na pasta destino